מועדון הכדורסל "הפועל באר שבע" נוסד בשנת 1954 ע"י האחים סמי ומרקו ארושס, ברטי בכר ז״ל וצבי ברונר ז״ל, ובשנת 1965, בהובלת ודב שריר ז״ל וייבדל לחיים ארוכים מאמן הכדורסל הותיק איתן ווגמן (שחקן מכבי חיפה דאז, שהגיע לבאר שבע ואימן את הקבוצה בראשית דרכה) – הפך למועדון מקצועני. נקודת הציון המשמעותית הראשונה בהיסטוריה של המועדון נרשמה בשנת 1976, עונת האליפות של קבוצת הכדורגל, כשבסיומה העפילה קבוצת הבוגרים לליגה השנייה בארץ, בה שרדה במשך שלוש עונות, עד שהתפרקה.

עם דוב שריר ושימי ריגר על הקווים חזרה הפועל באר שבע לתודעה במהלך שנות ה- 80 והעפילה שוב ללאומית בשנת 1987. חיים סלע ז"ל העניק אז את חסותו על הקבוצה, ויחד עם המנהל המיתולוגי אברהם קבלק ז"ל, ומזכיר אגודת הפועל באר שבע – עודד ירון החזיקה הקבוצה מספר שנים נוספות לפני שהתפרקה שוב.

עם תחילת שנות ה- 2000 חזרו ימי הזוהר של המועדון ואור חדש האיר על הכדורסל הבאר-שבעי. דרור סוויסה, איש עסקים מקומי ושחקן/מאמן עבר במועדון חבר למספר שחקני כדורסל וותיקים בראשות יניב קבלק, בני רווה וצביקה גרסון, ויחד עם סיוע מועדון "הפורום" הקים בשנת 2002 את מועדון הכדורסל בשנית. הפועל באר שבע המתחדשת החלה את דרכה בליגה ב' ותוך שלוש שנים בלבד העפילה לליגה הלאומית, תוך שהיא משאירה מאחוריה קבוצות בעלות פאר ומסורת כמו הפועל תל אביב והפועל אילת.

בעונת 2006/07 עמדה הקבוצה מרחק נגיעה מהעפלה לליגת העל, לאחר שנוצחה 3:2 בסדרת גמר הפלייאוף של הליגה הלאומית ע"י הפועל חולון, סדרה שנזכרה כאחת הגדולות בהיסטוריה של ליגת המשנה. עונה לאחר מכן הודחה הקבוצה בשלב רבע גמר הפלייאוף של הליגה הלאומית, ולאחר שנקלעה לקשיים כלכליים התקבלה החלטה לסגור בשנית את המועדון.

על מנת להמשיך לשמר את מחלקת הנוער של המועדון, לקחה עמותת "עתיד הנגב" בהובלת מריו לוי ואבי ברמי החל מעונת 2008/2009 את אחריותה על המחלקה כולה, לצד בית הספר לכדורסל. עונה לאחר מכן הוקמה מחדש קבוצת הבוגרים של המועדון ע"י עמותת אוהדים, בסיומה העפילה מליגה ב' לליגה א'. עמותת האוהדים ניהלה את קבוצת הבוגרים של המועדון עונה נוספת, בליגה א', לאחריה התאחדה עם מועדון הכדורסל בית"ר באר שבע לאגודת "עירוני באר שבע". במקביל, המשיכה עמותת "עתיד הנגב" לנהל את מחלקת הנוער של הפועל באר שבע, כשבעונת 2011/12 התאחדה עם המועדון המקומי אס"א באר שבע.

לאחר כישלון האיחוד עם מועדון בית"ר ב"ש, ועם ירידתה של קבוצת הבת של המועדון המאוחד לליגה ב' – עברה בעונת 2012/13 קבוצת הבוגרים של הפועל באר שבע לניהולה של עמותת "עתיד הנגב", בסיומה חזרה הקבוצה לליגה א'.

בקיץ 2014 הגיעו ראשי מועדון הפועל באר שבע ובית"ר/עירוני באר שבע להבנה כי הדרך להצלחה מחייבת את שיתוף הפעולה המלא בין המועדונים, מה שסלל את הדרך לאיחוד מלא בין שני המועדונים המובילים בנגב תחת השם "הפועל באר שבע". איש העסקים כפיר ארזי הצטרף לעמותת "עתיד הנגב", מונה ליו"ר האגודה והוביל את מהלך האיחוד ההיסטורי. הפועל באר שבע החדשה עלתה וטיפסה במעלה הליגות – מליגה ב' לליגה א', לליגה הארצית ולפני שנה – התמקמה בליגה הלאומית – פסע אחד לפני קדמת הבמה של הכדורסל הישראלי, צעד אחד לפני הגשמת החלום.